動物遺傳育種學分會于1983年1月30日在廣西南寧市宣布成立，原名為動物數(shù)量遺傳學研究會，1993年根據(jù)中國畜牧獸醫(yī)學會的要求，更名為中國畜牧獸醫(yī)學會動物數(shù)量遺傳學分會，后又更名為動物遺傳育種學分會。

第一屆理事會（1983-1987年）理事長我國動物遺傳育種學科奠基人吳忠賢教授，副理事長東北農(nóng)業(yè)大學盛志廉教授、北京農(nóng)業(yè)大學吳常信教授、北京奶牛研究所張斌研究員、浙江農(nóng)業(yè)大學繼初教授，秘書長張斌研究員（兼）。第八屆理事會（2012-2016）理事長中國農(nóng)業(yè)大學張勤教授，副理事長中山大學陳瑤生教授、中國農(nóng)業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所杜立新研究員、浙江大學傅衍教授、中國農(nóng)業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所李奎研究員、四川農(nóng)業(yè)大學李學偉教授、中國農(nóng)業(yè)大學楊寧教授、東北農(nóng)業(yè)大學李輝教授、江西農(nóng)業(yè)大學黃路生院士、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學李金泉，秘書長中國農(nóng)業(yè)大學張勝利教授，副秘書長中國農(nóng)業(yè)大學孫東曉教授，現(xiàn)有理事131名，秘書處設在中國農(nóng)業(yè)大學動物科技學院。

分會是由中國畜牧獸醫(yī)科學技術工作者自愿組成的學術性、科普性、非營利性的社會團體，是黨和政府聯(lián)系畜牧獸醫(yī)科技工作者的橋梁和紐帶，是發(fā)展我國畜牧獸醫(yī)事業(yè)的重要社會力量。

分會在中國畜牧獸醫(yī)學會的直接領導下，在掛靠單位中國農(nóng)業(yè)大學的支持下，在廣大理事和全體會員的共同配合和努力下，充分發(fā)揮橋梁紐帶作用，積極開展各項工作。每兩年舉辦一次全國動物遺傳育種學術討論會，是我國動物遺傳育種學科領域水平最高、規(guī)模最大的學術會議，匯集國內(nèi)外從事動物遺傳育種教學、科研和生產(chǎn)的專家、學者及技術人員，展示國內(nèi)外數(shù)量遺傳學、群體遺傳學、分子遺傳學、基因組學、動物遺傳改良、動物遺傳進化、遺傳資源的保護和利用、生物信息與系統(tǒng)生物學、動物基因組編輯等新技術及其在動物遺傳育種中的應用等最前沿的研究進展和成果，為全國動物遺傳育種領域的專家學者和科研人員提供了廣泛的內(nèi)外交流平臺，以推動我國動物遺傳育種事業(yè)的發(fā)展。近幾年參會人數(shù)屢創(chuàng)新高，2017年10月13-16日舉辦的"第18次全國動物遺傳育種學術討論會"共計1900余名專家學者、在校研究生和科技推廣人員參會。